■ SNP解析・データベースワーキンググループ

本ワーキンググループの現在の構成メンバーは以下の通りです。
 
リーダー
中村 紀雄 (三共株式会社)
 
サブリーダー
春山 英幸 (三共株式会社)
 
メンバー (50音順)
家田 力 (科研製薬株式会社)
江口 有 (協和発酵工業株式会社)
小谷 秀仁 (萬有製薬株式会社)
坂田 恒明 (塩野義製薬株式会社)
出沢 彰 (杏林製薬株式会社)
藤村 謙一 (参天製薬株式会社)
中村 哲朗 (富山化学工業株式会社)
水井 信夫 (大正製薬株式会社)
森 和也 (エスエス製薬株式会社)
横田 博 (第一製薬株式会社)
 

 
本ワーキンググループのこれまでの活動概況は、以下の通りです。


2000年10月25日 第1回ワーキンググループ会合

現状の確認と討議を行なった。内容の要点は以下の通り。

理化学研究所および東京大学医科学研究所は研究の結果をNCBIのdbSNPの形式でSNP位置に頻度を付した形で順次公表していく予定。
どのようなPSCのDBを作るべきかについては、今後共同研究先の両研究機関と協議して検討していく。


2001年3月14日 第2回ワーキンググループ会合

プロジェクトの進行状況の確認後、今後の方針について討議を行なった。要点は以下の通り。

第6回運営委員会において討議・承認された「解析結果の利用方法に関する方針」が報告された。同方針案は、1)収集したデータの解析から得られる日本人遺伝子の集団遺伝子構造の結果は、鎌谷、中村両教授により科学論文として発表される、2)PSCは解析終了前に基礎データの提供を要求しない、の二点を骨子としている。今後この方針のもとに本ワーキンググループの活動を行なう。


東京女子医大で発生するデータの取り扱いについて

データの入力形式、作業手順についての詳細を取り決める必要がある。想定される諸事項について、あらかじめ鎌谷教授(東京女子医大)に質問していたので、頂いた回答に基づき、当ワーキンググループの対応を協議した。問題となったのは、検査項目のうち心電図の専門家所見、アンケートの自由記入部分(例;"過去に副作用のでた薬はありますか")のデータをどのように正規化し、以後の統計処理に利用するかという点と、PSCとしてデータのexcelファイル化を、データ発生後のどのタイミングで行うかであった。この問題については、鎌谷教授のお考えを伺う必要があることから、春山、出沢、小谷の3委員が鎌谷教授を訪問し、協議することとした。


プロジェクト終了時、終了後のデータベース管理について

最低の社会還元として、頻度データを公的DB(dbSNP)などに登録するということでは、意見が一致した。会員がアクセスできるDBとして運用するには、管理面で種々問題のあることが指摘された。結果をCDとして参加各社に配布するという意見もだされたが、その内容の範囲をどうするかなどの、具体的な問題については今後討議を重ねて行く。


2001年7月31日までの状況
(DNA試料調製)
東京女子医大において連結不可能匿名化を行った上で調製の終了したDNA試料(894検体)を理化学研究所に送付した。
なお、PSC所定の書式による送付状と受領書の写しがPSC事務局において保管されている。


2001年8月31日までの状況
(東京女子医大で発生するデータのコンピューター入力)
身長、体重等の項目および臨床検査値は女子医大側で既に入力予定。
アンケート調査表のうち、「3.家族調査」以下の項目は、9月以降入力予定


2001年11月19日までの状況
(DNA試料調製)
東京女子医大において連結不可能匿名化を行った上で調製されたDNA試料(累計1032検体)を理化学研究所に送付し、DNA試料調製を終了した。なお、PSC所定の書式による送付状と受領書の写しがPSC事務局において保管されている


(理研への情報開示依頼)
機能解析ワーキング・グループと協力して中村教授に薬物動態関連遺伝子のSNP情報入手を依頼し、3CYP分子種およびトランスポーターのSNP情報を入手した。このSNPs位置情報についてデータの形式を確認した。

(東京女子医大で発生したボランティア背景データ入力作業)
この作業を外部委託することとし、3社の委託先候補の中から日本アルトマークへ委託することに決定した(契約締結済み)。入力方式について女子医大に確認の上、作業を実施した。


2002年3月13日までの状況
(PSC事業成果の取扱いについて)
 2月25日開催のPSC運営幹事会の要請を受けて審議を行った。第6回運営委員会において承認された「解析結果の利用方法に関する方針」を前提とすることを確認し、運営員会に方針の答申を行う予定。